Soprannominato il "Puma" per i suoi movimenti felini nel catturare il pallone a centrocampo e rilanciare l'azione, cresce calcisticamente in Brasile, al Gremio.
Passa nel 1997 in Germania, al Bayer Leverkusen, dove si mette in luce nel grande panorama europeo.
Fortemente voluto da Capello, viene acquistato dalla Roma nell'estate del 2000 ma la sua avventura in giallorosso, comincia nel peggiore dei modi: durante un allenamento si infortunia procurandosi la rottura dei legamenti del ginocchio sinistro, ed č costretto ad una lunga terapia che lo terrā lontano dai campi di gioco per 6 mesi, praticamente tutto il girone d'andata del campionato.
Durante la presentazione della squadra allo stadio Olimpico, Emerson era in tribuna ad assistere all'amichevole contro l'AEK, ed č scoppiato in lacrime dopo che i quasi 70000 tifosi presenti allo stadio lo hanno acclamato all'annuncio del suo nome da parte dello speaker.
Rientrato in campo a gennaio 2001, trascina la Roma nella vittoria dello scudetto al termine dell'anno e alla vittoria della Supercoppa Italiana.
Un amore durato 4 anni, finito nel peggiore dei modi, dopo che Fabio Capello scappa dalla Roma per andare alla Juventus e lui non si presenta al ritiro giallorosso accampando problemi di depressione fino a quando la societā giallorossa non č costretta a cederlo, guarda caso, proprio alle Juventus.